貝勒醫(yī)學(xué)院(Baylor College of Medicine)和合作機構(gòu)的研究人員使用一種方法，包括整合來自10種癌癥類型的蛋白質(zhì)組學(xué)、基因組學(xué)和表觀基因組學(xué)數(shù)據(jù)，已經(jīng)確定了癌癥組織中的蛋白質(zhì)和小蛋白質(zhì)或肽靶點，并通過實驗驗證了其中許多作為治療策略的有希望的候選者。
這一發(fā)現(xiàn)發(fā)表在《Cell》雜志上。
貝勒大學(xué)萊斯特和蘇·史密斯乳房中心的分子和人類遺傳學(xué)教授Bing Zhang博士說:“經(jīng)驗表明，靶向治療，即針對癌細(xì)胞中特定蛋白質(zhì)的癌癥治療，有望比傳統(tǒng)的放療和化療取得更有效的臨床結(jié)果。”“盡管在識別特定癌癥類型的潛在脆弱性方面取得了進展，但fda批準(zhǔn)的癌癥藥物針對的蛋白質(zhì)不到200種。在這項研究中，我們通過分析來自10種癌癥類型的1000多個組織樣本的數(shù)據(jù)，大大擴展了潛在治療靶點的列表。”
研究人員應(yīng)用計算工具整合蛋白質(zhì)基因組學(xué)數(shù)據(jù)，包括DNA、RNA和蛋白質(zhì)的全基因組信息，這些信息是由臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)從前瞻性收集的treatment-na?ve原發(fā)性腫瘤樣本中產(chǎn)生的，其中許多與匹配的正常鄰近組織進行比較。該團隊將CPTAC數(shù)據(jù)集與其他公共數(shù)據(jù)集整合在一起，研究在不同腫瘤類型中發(fā)現(xiàn)的基因和蛋白質(zhì)改變之間的異同，以闡明癌癥治療的蛋白質(zhì)靶點。
“我們的目標(biāo)是更好地了解已知藥物靶點的特征。我們也希望找到新的靶點，從而開發(fā)出新的藥物。”Bing Zhang說。
該團隊?wèi)?yīng)用數(shù)據(jù)整合方法來識別對癌癥生長和發(fā)展重要的蛋白質(zhì)和基因。他們還尋找腫瘤抗原，包括來自腫瘤基因突變的新抗原癌癥特異性肽。
Zhang說:“我們的研究揭示了重新利用目前批準(zhǔn)用于其他疾病的藥物的新機會。例如，我們發(fā)現(xiàn)一種抗真菌藥物還可以減少幾種癌癥類型的生長，支持進一步探索這種藥物的抗癌價值。”
研究人員還發(fā)現(xiàn)了目前沒有藥物的潛在蛋白質(zhì)靶點。Zhang說:“這些發(fā)現(xiàn)為藥物開發(fā)提供了機會，包括小分子藥物或藥物-抗體偶聯(lián)物。”
“我非常興奮，我們已經(jīng)創(chuàng)造了一個全面的蛋白質(zhì)靶點資源，通過確定許多新的候選者和涵蓋各種治療方式，顯著擴大了治療領(lǐng)域。我們已經(jīng)在targets.linkedomics.org網(wǎng)站上公開了我們的發(fā)現(xiàn)。”“我們希望這一資源將為重新利用現(xiàn)有藥物和開發(fā)新的癌癥治療方法鋪平道路。”
參考文獻
Pan-cancer proteogenomics expands the landscape of therapeutic targets
（文章來源：mp.weixin.qq.com/s/jQsUHxirTFRtRZ3G8GwT1w）
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