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一次篩查超250種罕見(jiàn)遺傳病,GUARDIAN項(xiàng)目將如何利用WGS改善新生兒篩查?
[ 發(fā)布日期:2023-12-4 13:44:07    閱讀次數(shù):527 ]

據(jù)估計(jì),全球10%的人口患有罕見(jiàn)病[1]。對(duì)罕見(jiàn)病患者來(lái)說(shuō),獲得診斷往往是一個(gè)漫長(zhǎng)而痛苦的過(guò)程。罕見(jiàn)病的平均診斷時(shí)間(如果可以診斷出來(lái)的話(huà))是8年,更有甚者,他們永遠(yuǎn)無(wú)法獲得確切診斷。此外,罕見(jiàn)病給家庭和社會(huì)帶來(lái)了沉重的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。僅在美國(guó),估計(jì)約2,500萬(wàn)到3,000萬(wàn)居民受罕見(jiàn)病的影響,每年的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)約為1萬(wàn)億美元,而這僅考慮了379種罕見(jiàn)病的數(shù)據(jù)。WGS技術(shù)在遺傳病基因診斷中的應(yīng)用,推動(dòng)了遺傳病診斷的革新與轉(zhuǎn)變。WGS有助于縮短罕見(jiàn)病診斷過(guò)程,并在可能的情況下讓患者盡早、盡快接受治療,降低家庭和社會(huì)經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān),提高患者的生活質(zhì)量。

里程碑式新生兒基因篩查研究GUARDIAN啟動(dòng)


2022年10月,美國(guó)針對(duì)新生兒罕見(jiàn)病的基因組統(tǒng)一篩查項(xiàng)目GUARDIAN正式啟動(dòng)。該項(xiàng)目由哥倫比亞大學(xué)Wendy Chung博士領(lǐng)導(dǎo),由紐約長(zhǎng)老會(huì)、紐約州衛(wèi)生部、GeneDx和Illumina、Sanofi公司合作開(kāi)展,計(jì)劃在未來(lái)4年內(nèi)招募10萬(wàn)名新生兒,利用WGS篩查新生兒的致病性或可能致病性基因突變,這些突變與250多種罕見(jiàn)和嚴(yán)重的兒童期遺傳病有關(guān),其中大部分疾病都有藥物或干預(yù)措施來(lái)預(yù)防或減輕癥狀,這些疾病目前不包括在常規(guī)新生兒篩查中[2-3]作為一項(xiàng)免費(fèi)、自愿選擇的新生兒篩查研究,GUARDIAN項(xiàng)目旨在推動(dòng)遺傳病的早期診斷和治療,以改善參與研究的嬰兒的健康,通過(guò)WGS提供證據(jù)支持新生兒篩查的擴(kuò)展,并描述罕見(jiàn)遺傳病的流行和自然史[4]。

據(jù)悉,GUARDIAN是迄今為止美國(guó)最大的一項(xiàng)新生兒罕見(jiàn)遺傳病基因組測(cè)序研究[4],GeneDx為其提供WGS和解讀服務(wù),Illumina提供技術(shù)和耗材[5-6]

目前,GUARDIAN項(xiàng)目正在紐約長(zhǎng)老會(huì)醫(yī)院進(jìn)行,篩查包括158種可治療/預(yù)防的疾病和100種其他疾病,其中大多數(shù)是神經(jīng)源性疾病,這些疾病目前尚沒(méi)有治療方法,但相關(guān)干預(yù)措施可以改善患者的癥狀[3]。篩查的疾病選擇標(biāo)準(zhǔn)包括:中位發(fā)病年齡在5歲之前,基于遺傳結(jié)果、有效治療和/或疾病自然史,疾病發(fā)展的概率大于90%[4]。

具體而言,GUARDIAN研究不需要額外的血液樣本,使用與標(biāo)準(zhǔn)新生兒篩查相同的樣本進(jìn)行檢測(cè)。在樣本收集后約3-6周,GUARDIAN團(tuán)隊(duì)將與參與者聯(lián)系,告知其測(cè)序結(jié)果。如果嬰兒的篩查呈陰性,那么該嬰兒患上其中某種疾病的可能性非常低,但風(fēng)險(xiǎn)并不是零,因?yàn)闆](méi)有任何檢測(cè)是完美的。如果嬰兒的篩查呈陽(yáng)性,那么該嬰兒很有可能患有這種疾病。醫(yī)生會(huì)幫助參與者家庭分析相關(guān)情況,幫助嬰兒進(jìn)行必要的確認(rèn)檢測(cè)和提供后續(xù)護(hù)理建議。[2]

GUARDIAN項(xiàng)目最新研究成果:

WGS識(shí)別了罕見(jiàn)遺傳病


2023年10月,GUARDIAN項(xiàng)目的最新研究數(shù)據(jù)在第二屆新生兒測(cè)序國(guó)際會(huì)議(ICoNS)上公布[7]。數(shù)據(jù)顯示,GUARDIAN研究中WGS識(shí)別了多例罕見(jiàn)遺傳病。

據(jù)該項(xiàng)目首席研究員Wendy Chung博士介紹,GUARDIAN團(tuán)隊(duì)迄今已聯(lián)系了7,050個(gè)家庭,其中5,133個(gè)(73%)已完成注冊(cè),4,256個(gè)已收到結(jié)果。該隊(duì)列保持著種族的多元化,超過(guò)30%的參與者報(bào)告為西班牙裔,約25%為白人,超過(guò)10%為亞洲人,約10%為黑人,約10%為混血。參與者獲得結(jié)果的平均周轉(zhuǎn)時(shí)間為36天,并且這一時(shí)間將會(huì)逐漸縮短。

數(shù)據(jù)顯示,3.5%的參與者獲得了陽(yáng)性結(jié)果,其中真陽(yáng)性131例,假陽(yáng)性20例。Chung博士分享了幾個(gè)案例,一名嬰兒被發(fā)現(xiàn)在KCNQ1基因中有一種致病變異,該變異與長(zhǎng)QT綜合征I型有關(guān),似乎是一種De novo變異。在心電圖確認(rèn)診斷后,該嬰兒現(xiàn)在正在服用受體阻滯劑,并將由兒科心臟病專(zhuān)家進(jìn)行后續(xù)治療。該項(xiàng)目還發(fā)現(xiàn)了一名攜帶IL2RG基因可能致病變異的嬰兒。IL2RG基因與X-連鎖SCID(X-連鎖嚴(yán)重聯(lián)合免疫缺陷?。┯嘘P(guān)。SCID是一種無(wú)法治療的致命疾病,傳統(tǒng)的新生兒篩查也會(huì)檢測(cè)該疾病。確診后,該患者正在接受骨髓移植。另一名嬰兒被發(fā)現(xiàn)攜帶CDKL5基因的致病性變異,該基因與Rett-like綜合征有關(guān),嬰兒在基因診斷時(shí)出現(xiàn)了癥狀。該患者現(xiàn)在正在接受抗癲癇藥物的治療。Chung指出,以上三個(gè)病例都沒(méi)有家族病史。

此外,已有數(shù)據(jù)顯示,在GUARDIAN早期招募的1000名新生兒中,2.6%的新生兒出現(xiàn)了真陽(yáng)性篩查結(jié)果,包括15例G6PD缺乏癥確診病例。G6PD缺乏癥是一種名為G6PD(葡萄糖-6-磷酸脫氫酶)的酶功能下降的結(jié)果,會(huì)導(dǎo)致紅細(xì)胞在感染、某些藥物、食物或壓力下分解,并有患嚴(yán)重新生兒高膽紅素血癥的風(fēng)險(xiǎn)。該疾病沒(méi)有納入標(biāo)準(zhǔn)新生兒篩查。同時(shí),WGS檢測(cè)到的其他疾病包括鐮狀細(xì)胞病、聽(tīng)力障礙和軟骨發(fā)育不全等。[8]

值得注意的是,GUARDIAN研究篩選的238個(gè)基因中的可報(bào)告基因突變已被GeneDx納入回顧性分析。對(duì)于其中近2.5萬(wàn)名外顯子組或基因組測(cè)序呈陽(yáng)性的個(gè)體,如果在出生時(shí)就進(jìn)行基因組測(cè)序,20%的患者可平均提前7-11年發(fā)現(xiàn)病因[6]。

結(jié) 語(yǔ)

通過(guò)罕見(jiàn)病的早期診斷和早期治療,可以盡量預(yù)防長(zhǎng)期疾病問(wèn)題并獲得更好的結(jié)果。Wendy Chung博士認(rèn)為:“借助基因組測(cè)序技術(shù),罕見(jiàn)病患者不需要再經(jīng)歷漫長(zhǎng)的診斷之旅,在出生時(shí)即可獲得診斷。診斷應(yīng)該是疾病診療整個(gè)過(guò)程中最容易的部分。我們應(yīng)該把重點(diǎn)放在真正重要的事情上:對(duì)這些患者的治療和護(hù)理。此外,基因篩查將為患者提供公平獲得診斷的機(jī)會(huì)。[5]

根據(jù)美國(guó)國(guó)家人類(lèi)基因組研究所的數(shù)據(jù),基因檢測(cè)成本在過(guò)去的幾十年里急劇下降,這使得新生兒基因篩查研究更具吸引力。對(duì)新生兒患者來(lái)說(shuō),早期診斷意味著醫(yī)生和衛(wèi)生系統(tǒng)可以更快地考慮可用的干預(yù)措施和療法,從而提高生活質(zhì)量。同時(shí),早期診斷還涉及經(jīng)濟(jì)問(wèn)題,包括減少住院時(shí)間以及新生兒重癥監(jiān)護(hù)室(NICU)對(duì)患者的不必要或無(wú)效護(hù)理,每個(gè)病例平均可節(jié)省30000美元[8]。Wendy Chung表示:“WGS可以通過(guò)在接受診斷的患者中消除不必要的程序和檢查。WGS的成本還不到ICU一天的住院費(fèi),而且可以縮短住院時(shí)間,尤其是NICU患者。”[1]此外,隨著越來(lái)越多的患者被診斷出患有罕見(jiàn)病,還可以建立臨床試驗(yàn),幫助更快地開(kāi)發(fā)出治療或治愈罕見(jiàn)病的方法。

GUARDIAN項(xiàng)目篩查的超250種遺傳病列表:

https://guardian-study.org/conditions-screened/

參考資料:

[1]https://fortune.com/well/2023/02/28/rare-disease-patients-diagnostic-odyssey-whole-genome-sequencing-wgs-genetic-testing/
[2]https://guardian-study.org/overview/
[3]https://www.genomeweb.com/sequencing/acmg-guardian-newborn-sequencing-study-reports-high-uptake-rate 
[4]https://ir.genedx.com/news-releases/news-release-details/sema4genedx-provide-whole-genome-sequencing-and-interpretation#:~:text=The%20largest%20study%20of%20its%20kind%20in%20North,are%20not%20covered%20today%20by%20standard%20newborn%20screening
[5]https://www.cuimc.columbia.edu/news/can-genomic-screening-newborns-help-more-children-born-rare-diseases
[6]https://www.genomeweb.com/sequencing/guardian-study-explore-newborn-screening-genome-sequencing-100k-babies-nyc#.ZBGo0HbMJPY]
[7]https://www.genomeweb.com/molecular-diagnostics/international-newborn-genome-sequencing-projects-discuss-differences-future
[8]https://ir.genedx.com/news-releases/news-release-details/genedx-announces-progress-guardian-study-and-promise-early
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