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1.中性粒細(xì)胞缺乏 (粒缺) 伴發(fā)熱

【共識(shí)2】低危且無(wú)明顯感染灶的患者，如經(jīng)抗菌藥物治療≥7d未明顯好轉(zhuǎn)可考慮在送檢血培養(yǎng)的同時(shí)送檢外周血標(biāo)本mNGS；高?；颊叱跏冀?jīng)驗(yàn)性治療72～96h無(wú)效時(shí)，推薦送檢傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的同時(shí)送檢血液mNGS。

2.血流感染 (BSI)

【共識(shí)3】疑似BSI患者，在留取血培養(yǎng)標(biāo)本的同時(shí)留取血漿樣本，于-80℃暫存；如72h內(nèi)血培養(yǎng)陰性且抗感染治療無(wú)改善的患者，推薦將留存樣本進(jìn)行mNGS。疑似膿毒癥的重癥患者，建議送檢血培養(yǎng)同時(shí)送檢血mNGS。

3.下呼吸道感染

【共識(shí)4】下呼吸道感染患者首選支氣管肺泡灌洗液 (BALF) 送檢傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，難以進(jìn)行支氣管肺泡灌洗的患者，可以選擇深部痰進(jìn)行檢測(cè)，并同時(shí)留取標(biāo)本凍存。如抗感染治療≥72h感染癥狀無(wú)好轉(zhuǎn)或影像學(xué)表現(xiàn)持續(xù)加重的患者，建議送檢留存標(biāo)本行mNGS檢測(cè)。如為重癥下呼吸道感染或有快速進(jìn)展為重癥的危險(xiǎn)因素患者，建議同時(shí)送檢傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)及mNGS。

鑒于血液病患者肺部感染病原譜廣，部分病原難以培養(yǎng)或傳統(tǒng)檢測(cè)不能覆蓋，且混合感染常見，推薦對(duì)于經(jīng)驗(yàn)性抗感染治療無(wú)效及重癥下呼吸道感染患者在完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的同時(shí)，采用BALF mNGS進(jìn)行病原診斷。

血液mNGS對(duì)于下呼吸道感染病原診斷效果局限。

4.中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染 (CNSI)

【共識(shí)5】疑似CNSI，推薦腦脊液在送檢傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的同時(shí)送檢mNGS，在流程上建議選擇DNA檢測(cè)，僅在考慮RNA病毒感染時(shí)完善RNA檢測(cè)流程。

CNSI時(shí)外周血與腦脊液病原分離現(xiàn)象 (腦脊液存在感染病原，而外周血不能檢出) 并不少見。因此，對(duì)于疑似CNSI患者，不推薦外周血作為替代樣本進(jìn)行mNGS檢測(cè)。

5.腸道或腹腔感染

【共識(shí)6】疑似腸道感染患者推薦首選傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，糞便樣本病原mNGS 檢測(cè)可作為補(bǔ)充。疑似腹腔感染，首選感染部位樣本送檢，如不能獲得感染部位樣本可選擇血液樣本送檢，但檢出性能有限，不作為常規(guī)推薦。

對(duì)于腹腔感染，如患者已進(jìn)展為膿毒癥休克，推薦首選血液樣本mNGS，而相對(duì)癥狀較輕的患者可以選擇腹水或血液樣本送檢。

6.皮膚軟組織感染

【共識(shí)7】推薦對(duì)累及深部或播散性的皮膚軟組織感染患者，在完善感染部位標(biāo)本傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)的同時(shí)送檢mNGS，如不能獲得感染灶局部樣本，可選擇外周血。

皮膚軟組織是血液病患者感染常見的累及部位，這類感染容易繼發(fā)播散，同時(shí)也可為播散性感染的表現(xiàn)之一。mNGS對(duì)于皮膚軟組織感染的優(yōu)勢(shì)在于陽(yáng)性率高、覆蓋譜廣及對(duì)混合感染的識(shí)別能力強(qiáng)。在送檢時(shí)，應(yīng)首選局部樣本，其病原檢出率高于血液樣本。對(duì)于播散性感染，在不能獲得局部樣本時(shí)可選擇外周血作為替代或根據(jù)臨床具體情況選擇感染部位以及血液樣本平行送檢。

7.泌尿系統(tǒng)感染

【共識(shí)8】對(duì)于復(fù)雜性泌尿系統(tǒng)感染、移植后泌尿系統(tǒng)感染在完善傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)后不能獲得病原學(xué)證據(jù)或治療不佳的患者可嘗試尿液mNGS。

對(duì)于傳統(tǒng)微生物檢測(cè)陰性的泌尿系統(tǒng)感染的患者，可嘗試進(jìn)行尿液mNGS，如感染灶在腎臟，首選穿刺采集組織送檢。

【共識(shí)11】無(wú)菌采集獲得的樣本檢出病原，應(yīng)結(jié)合臨床考慮致病微生物的可能，但需注意排除定植。

對(duì)于外周血、組織、腦脊液、胸腹水及其他穿刺液等正常無(wú)菌樣本，mNGS檢出的細(xì)菌與真菌應(yīng)結(jié)合當(dāng)?shù)馗腥玖餍胁W(xué)、患者感染部位及定植情況考慮其是否為致病病原。樣本中單一高序列細(xì)菌或真菌檢出往往代表其是致病微生物可能性較高，而對(duì)于多種微生物檢出，其解讀應(yīng)結(jié)合檢出病原的常見定植部位及可能的微生物或其核酸的入血途徑進(jìn)行判斷。例如，腸道或腹腔感染時(shí)，腸道黏膜屏障的破壞可引起多種腸道微生物 (或其核酸) 入血，血液mNGS可出現(xiàn)多種微生物檢出的可能，一方面不能除外發(fā)生混合病原BSI，另一方面也可能僅為核酸入血。

【共識(shí)12】外周血樣本mNGS報(bào)告中DNA類病毒檢出常見，并非均為感染病原。

血液病患者mNGS報(bào)告中病毒檢出常見，且往往可有多種病毒檢出，并非均是感染病原，同時(shí)，病毒檢出不等同于病毒復(fù)制，需結(jié)合核酸定量PCR檢測(cè)評(píng)估其載量。如mNGS陽(yáng)性但定量PCR陰性，需謹(jǐn)慎判斷為病原的可能。

【共識(shí)13】非無(wú)菌樣本的結(jié)果應(yīng)結(jié)合臨床、標(biāo)本類型、傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)結(jié)果共同判斷。

【共識(shí)14】耐藥基因的檢出，應(yīng)在充分考慮基因型與耐藥表型對(duì)應(yīng)性的基礎(chǔ)上進(jìn)行判斷。

不同細(xì)菌耐藥基因與表型的一致性差異較大，部分耐藥基因可能存在攜帶而不表達(dá)的情況，如銅綠假單胞菌、陰溝腸桿菌染色體攜帶AmpC基因但其未必表達(dá)，AmpC基因檢出不等同于耐藥；而部分基因一旦檢出則應(yīng)高度考慮耐藥的存在，如常見的碳青霉烯類耐藥基因。

對(duì)于非無(wú)菌部位樣本，如痰液、BALF等，多種微生物檢出常見，其耐藥基因的檢出應(yīng)考慮與病原的對(duì)應(yīng)情況，例如mecA基因的檢出可能出自金黃色葡萄球菌，但也可能來(lái)自凝固酶陰性葡萄球菌，需結(jié)合病原匹配情況進(jìn)行解讀。同時(shí)，值得注意的是，無(wú)耐藥基因型檢出不等于敏感，這往往與檢出病原的序列低導(dǎo)致基因覆蓋度不夠未能檢出耐藥基因有關(guān)。

【共識(shí)15】病原mNGS檢測(cè)屬于定性檢測(cè)范疇，序列高低不等同于體內(nèi)病原載量。

鑒于目前我國(guó)主要使用的病原mNGS檢測(cè)手段仍屬于定性檢測(cè)水平，序列數(shù)高低不等同于病原載量，應(yīng)審慎應(yīng)用于療效評(píng)價(jià)，同時(shí)應(yīng)結(jié)合人源背景、測(cè)序數(shù)據(jù)量等綜合評(píng)估。此外，對(duì)于不同樣本之間因?qū)嶒?yàn)流程、人源比例均存在較大差異，不可直接進(jìn)行序列數(shù)比較來(lái)評(píng)估療效。

【共識(shí)16】不推薦將mNGS陰性作為排除感染的標(biāo)準(zhǔn)。

盡管mNGS病原檢出率高于傳統(tǒng)微生物學(xué)檢測(cè)，但仍存在漏檢可能，常見原因主要包括：①標(biāo)本中人源背景高，微生物核酸比例過(guò)低導(dǎo)致未能檢出，例如腦脊液樣本中病毒檢出的靈敏度對(duì)標(biāo)定量PCR 檢測(cè)存在漏檢可能；②感染灶隱匿，無(wú)游離病原核酸釋放入血，例如肝脾念珠菌病時(shí)，病原相對(duì)局限；③患者粒缺狀態(tài)，病原主要以完整細(xì)胞形式存在，血液中無(wú)病原游離核酸存在；④感染病原細(xì)胞壁較厚，破壁程度不足導(dǎo)致漏檢，例如隱球菌和結(jié)核分枝桿菌；⑤標(biāo)本代表性不足或質(zhì)量不佳。