范安德爾研究所的科學(xué)家們在常見代謝物樣本中發(fā)現(xiàn)了1000多種以前未檢測到的蛋白質(zhì)，盡管采用了提取方法來清除它們，但這些蛋白質(zhì)仍然存在。
該研究結(jié)果發(fā)表在《自然通訊》雜志上，為科學(xué)家提供了新的見解和工具，以改進未來的代謝組學(xué)實驗，包括在提取過程中去除這些蛋白質(zhì)的新方案。該研究并沒有使先前的結(jié)果無效，而是強調(diào)了在實驗設(shè)計和分析中適當(dāng)?shù)目刂坪万炞C的重要性。
科學(xué)的進步往往是偶然和敏銳觀察的結(jié)合。在這種情況下，我們在實驗中注意到一個奇怪的結(jié)果，深入研究，發(fā)現(xiàn)這一巨大的蛋白質(zhì)景觀通過標準代謝物提取而滑落，”VAI質(zhì)譜核心主任，該研究的通訊作者Ryan Sheldon博士說。“這些蛋白質(zhì)會模糊結(jié)果，并可能導(dǎo)致假陽性和假陰性。我們希望我們的發(fā)現(xiàn)能夠提高人們對這些蛋白質(zhì)組偷渡者的認識，并進一步加強代謝組學(xué)領(lǐng)域的研究。”
長期以來，人們一直認為，用于提取代謝物的化學(xué)物質(zhì)會破壞樣品中存在的蛋白質(zhì)，從而防止它們干擾最終的分析。該研究表明，一些蛋白質(zhì)持續(xù)存在，這可能會改變所提取樣品的期望表型并改變結(jié)果。
為了篩除這些潛在的有問題的蛋白質(zhì)，謝爾登和他的同事在他們的標準提取過程中增加了一個過濾步驟，去除大于3千道爾頓的蛋白質(zhì)——這是一個包含大多數(shù)蛋白質(zhì)的閾值。
“最終，我們可以擁有世界上最好的儀器，但如果樣品制備存在問題，那么技術(shù)只能帶我們到此為止，”謝爾登說。“確保我們的表型不含任何混淆蛋白對于獲得準確結(jié)果至關(guān)重要。我們的發(fā)現(xiàn)幫助我們做到了這一點。”
該研究由VAI質(zhì)譜核心研究科學(xué)家Molly Hopper博士和當(dāng)時的van Andel研究所研究生Rae House博士牽頭。House博士現(xiàn)在是VAI Evan Lien博士實驗室的癌癥表觀遺傳學(xué)培訓(xùn)計劃支持的博士后研究員。
（文章來源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-7/20240718021020314.htm） | 
