貝勒醫(yī)學(xué)院(Baylor College of Medicine)和合作機(jī)構(gòu)的研究人員使用一種方法，包括整合來(lái)自10種癌癥類(lèi)型的蛋白質(zhì)組學(xué)、基因組學(xué)和表觀基因組學(xué)數(shù)據(jù)，已經(jīng)確定了癌癥組織中的蛋白質(zhì)和小蛋白質(zhì)或肽靶點(diǎn)，并通過(guò)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了其中許多作為治療策略的有希望的候選者。
這一發(fā)現(xiàn)發(fā)表在《Cell》雜志上，題為“泛癌癥蛋白質(zhì)基因組學(xué)擴(kuò)展了治療靶點(diǎn)的版圖”。
貝勒大學(xué)萊斯特和蘇·史密斯乳房中心的分子和人類(lèi)遺傳學(xué)教授Bing Zhang博士說(shuō):“經(jīng)驗(yàn)表明，靶向治療，即針對(duì)癌細(xì)胞中特定蛋白質(zhì)的癌癥治療，有望比傳統(tǒng)的放療和化療取得更有效的臨床結(jié)果。”“盡管在識(shí)別特定癌癥類(lèi)型的潛在脆弱性方面取得了進(jìn)展，但fda批準(zhǔn)的癌癥藥物針對(duì)的蛋白質(zhì)不到200種。在這項(xiàng)研究中，我們通過(guò)分析來(lái)自10種癌癥類(lèi)型的1000多個(gè)組織樣本的數(shù)據(jù)，大大擴(kuò)展了潛在治療靶點(diǎn)的列表。”
研究人員應(yīng)用計(jì)算工具整合蛋白質(zhì)基因組學(xué)數(shù)據(jù)，包括DNA、RNA和蛋白質(zhì)的全基因組信息，這些信息是由臨床蛋白質(zhì)組學(xué)腫瘤分析聯(lián)盟(CPTAC)從前瞻性收集的treatment-na?ve原發(fā)性腫瘤樣本中產(chǎn)生的，其中許多與匹配的正常鄰近組織進(jìn)行比較。該團(tuán)隊(duì)將CPTAC數(shù)據(jù)集與其他公共數(shù)據(jù)集整合在一起，研究在不同腫瘤類(lèi)型中發(fā)現(xiàn)的基因和蛋白質(zhì)改變之間的異同，以闡明癌癥治療的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)。
“我們的目標(biāo)是更好地了解已知藥物靶點(diǎn)的特征。我們也希望找到新的靶點(diǎn)，從而開(kāi)發(fā)出新的藥物。”Bing Zhang說(shuō)。
該團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)用數(shù)據(jù)整合方法來(lái)識(shí)別對(duì)癌癥生長(zhǎng)和發(fā)展重要的蛋白質(zhì)和基因。他們還尋找腫瘤抗原，包括來(lái)自腫瘤基因突變的新抗原癌癥特異性肽。
Zhang說(shuō):“我們的研究揭示了重新利用目前批準(zhǔn)用于其他疾病的藥物的新機(jī)會(huì)。例如，我們發(fā)現(xiàn)一種抗真菌藥物還可以減少幾種癌癥類(lèi)型的生長(zhǎng)，支持進(jìn)一步探索這種藥物的抗癌價(jià)值。”
研究人員還發(fā)現(xiàn)了目前沒(méi)有藥物的潛在蛋白質(zhì)靶點(diǎn)。Zhang說(shuō):“這些發(fā)現(xiàn)為藥物開(kāi)發(fā)提供了機(jī)會(huì)，包括小分子藥物或藥物-抗體偶聯(lián)物。”
“我非常興奮，我們已經(jīng)創(chuàng)造了一個(gè)全面的蛋白質(zhì)靶點(diǎn)資源，通過(guò)確定許多新的候選者和涵蓋各種治療方式，顯著擴(kuò)大了治療領(lǐng)域。我們已經(jīng)在targets.linkedomics.org網(wǎng)站上公開(kāi)了我們的發(fā)現(xiàn)。”“我們希望這一資源將為重新利用現(xiàn)有藥物和開(kāi)發(fā)新的癌癥治療方法鋪平道路。”
Pan-cancer proteogenomics expands the landscape of therapeutic targets
（文章來(lái)源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-6/20240625091754305.htm） | 
