罕見病患者往往被迫經(jīng)歷漫長(zhǎng)的診斷之旅。即使是開展外顯子組測(cè)序等擴(kuò)展性檢測(cè)，有些基因變異仍難以發(fā)現(xiàn)。一項(xiàng)新的研究發(fā)現(xiàn)，基因組測(cè)序可以為一些受罕見病影響的家庭提供答案。
這篇題為“Genome Sequencing for Diagnosing Rare Diseases”的論文于2024年6月5日發(fā)表在《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》上。
波士頓兒童醫(yī)院、哈佛大學(xué)醫(yī)學(xué)院和丹娜-法伯癌癥研究所等機(jī)構(gòu)的研究人員評(píng)估了744個(gè)家庭的短讀長(zhǎng)基因組測(cè)序數(shù)據(jù)，對(duì)其中218個(gè)家庭（29.3%）做出了分子診斷。
波士頓兒童醫(yī)院的Monica Wojcik及其同事在文中寫道：“我們利用基因組測(cè)序讓29.3%的罕見病患者獲得了可信的診斷結(jié)果，而這些往往是之前采用其他類型的檢測(cè)方法漏診的。”
研究人員指出，在這218個(gè)家庭中，61個(gè)家庭（28.0%）攜帶了外顯子組測(cè)序以及其他方法會(huì)漏掉的變異，包括復(fù)雜重排、串聯(lián)重復(fù)擴(kuò)增、結(jié)構(gòu)變異或拷貝中性轉(zhuǎn)位。
他們?cè)谥坝猛怙@子組測(cè)序檢測(cè)過的148個(gè)家庭中獲得了新的診斷結(jié)果，其中94個(gè)家庭也可以通過重新分析現(xiàn)有的外顯子組測(cè)序數(shù)據(jù)得出結(jié)果。
不過，這些診斷結(jié)果“也說明了幾種可能無法通過外顯子組測(cè)序或其他基因檢測(cè)方法檢測(cè)出的致病變異類型，包括小的或拷貝中性的結(jié)構(gòu)變異、內(nèi)含子變異、串聯(lián)重復(fù)擴(kuò)增和編碼變異，特別是高GC含量區(qū)域中的插入缺失或變異，”作者寫道。
研究團(tuán)隊(duì)解釋說，這些結(jié)果得到了另一個(gè)臨床重復(fù)隊(duì)列的支持，這個(gè)隊(duì)列包括另外78個(gè)疑似患有單基因罕見病的家庭。在這個(gè)隊(duì)列中，33%的家庭需要進(jìn)行基因組測(cè)序才能實(shí)現(xiàn)分子診斷，這表明這些研究結(jié)果既適用于研究環(huán)境，也適用于臨床環(huán)境。
盡管許多診斷出的家庭是歐洲血統(tǒng)，患有神經(jīng)發(fā)育疾病，但研究人員也對(duì)神經(jīng)肌肉、綜合征、血液病及其他病例做出分子診斷，覆蓋非洲、東亞、中東、南亞或混血血統(tǒng)的家庭。
“總體而言，我們的研究結(jié)果支持將基因組測(cè)序作為罕見病診斷的一線檢測(cè)方法，”作者總結(jié)道。
“基因組測(cè)序能夠檢測(cè)多種類型的致病變異，而且檢測(cè)各類變異的能力更強(qiáng)（但體細(xì)胞嵌合變異除外，基因組測(cè)序的平均覆蓋度較低，導(dǎo)致靈敏度下降），因此可取代外顯子組測(cè)序和染色體微陣列分析。”
（文章來源：www.ebiotrade.com/newsf/2024-6/202466155023105.htm） | 
