捷克科學(xué)院有機(jī)化學(xué)和生物化學(xué)研究所的一個(gè)研究小組開發(fā)了一種新的計(jì)算方法，可以準(zhǔn)確地描述蛋白質(zhì)如何與潛在藥物分子相互作用，并且在短短幾十分鐘內(nèi)完成。這個(gè)來自布拉格IOCB的新的量子力學(xué)評(píng)分函數(shù)因此可以顯著加快對(duì)新藥的研究。一篇關(guān)于該主題的科學(xué)文章發(fā)表在《自然通訊》雜志上。
研究表明，這是同類方法中第一個(gè)普遍適用的方法。布拉格IOCB的計(jì)算專家在10種不同結(jié)構(gòu)復(fù)雜程度的蛋白質(zhì)上進(jìn)行了測試，每種蛋白質(zhì)都結(jié)合了大量小分子(通常稱為配體)。然后，他們不僅將他們的結(jié)果與其他相應(yīng)方法的結(jié)果進(jìn)行了比較，還與實(shí)驗(yàn)室實(shí)驗(yàn)的結(jié)果進(jìn)行了比較，兩者的比較結(jié)果都非常有利。
“當(dāng)然，我們并不是唯一致力于此的人。有幾種這樣的方法。然而，通常情況下，它們的速度被較低的精度所抵消，而更精確的計(jì)算可能需要幾天的時(shí)間。“我們的方法是獨(dú)一無二的，因?yàn)樗鼈兛梢栽趲资昼妰?nèi)處理大分子系統(tǒng)的信息，同時(shí)保留更嚴(yán)格的量子力學(xué)計(jì)算的好處，”Jan ?ezá?解釋說，他是由Pavel Hobza教授領(lǐng)導(dǎo)的非共價(jià)相互作用小組的文章的通訊作者。
這個(gè)小組的專家長期以來一直在研究分子間相互作用。在這項(xiàng)研究中，他們主要關(guān)注生物分子，他們的工作結(jié)果直接關(guān)系到藥物的計(jì)算機(jī)輔助設(shè)計(jì)。原因是，當(dāng)科學(xué)家們研究一種新藥時(shí)，他們通常會(huì)尋找與特定蛋白質(zhì)緊密結(jié)合的分子。然而，識(shí)別它們就像大海撈針一樣，因?yàn)楸仨殞?duì)大量分子進(jìn)行測試，以區(qū)分出那些有希望的分子。這大大減緩了藥物的發(fā)現(xiàn)，使其更加昂貴。通過預(yù)測蛋白質(zhì)與配體結(jié)合的強(qiáng)度，從而挑選出最符合一套定義標(biāo)準(zhǔn)的分子，計(jì)算化學(xué)家省去了實(shí)驗(yàn)者的工作，這反過來又大大加快了藥物的發(fā)現(xiàn)。
這項(xiàng)研究的潛力是如此之大，以至于它得到了商業(yè)部門的支持，布拉格國際奧委會(huì)的專家們已經(jīng)與世界上最大的制藥公司之一合作了一段時(shí)間。
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