| 文庫制備是測序?qū)嶒灹鞒讨蟹浅ｊP(guān)鍵的一環(huán)，隨著基因測序的應(yīng)用持續(xù)深化和廣泛，對高通量、高質(zhì)量、高度自動化的測序需求與日俱增。傳統(tǒng)的手工操作會花費大量時間，更容易帶來樣本間的誤差及交叉污染的風(fēng)險問題。針對這些問題，自動化設(shè)備的引入可以有效解決其制備流程復(fù)雜、操作繁瑣、耗時長、操作專業(yè)度高等一系列問題。
華大智造的自動化樣本制備系統(tǒng)MGISP-960整合了溫控模塊、擴(kuò)增模塊、振蕩模塊、磁力架模塊等多種功能模塊，具有很高的準(zhǔn)確性和可靠性。在批量文庫制備過程中，引入自動化設(shè)備和技術(shù)，成為越來越多高通量、交付型實驗室的選擇。
近日，華大智造攜手翌圣生物，在高通量測序建庫試劑、國際市場拓展等方向達(dá)成戰(zhàn)略合作，并在自動化建庫設(shè)備達(dá)成聯(lián)合品牌推廣合作共識。雙方將攜手一起為行業(yè)帶來更加高效、高品質(zhì)的組合產(chǎn)品，全面推動腫瘤、病原、遺傳、科研等領(lǐng)域的發(fā)展。為了提升效率和質(zhì)量，翌圣生物的RNA建庫試劑盒在MGISP-960進(jìn)行了自動化建庫適配。
本文將針對翌圣生物的測序文庫構(gòu)建產(chǎn)品預(yù)混版RNA建庫試劑盒Hieff NGS®Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)在華大智造MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)上的適配情況做出測評。
測評方案
翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫試劑盒Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)包含RNA片段化試劑，反轉(zhuǎn)錄試劑，常規(guī)和鏈特異性ds-cDNA合成試劑以及文庫擴(kuò)增試劑（表1）；且此試劑盒可銜接mRNA純化試劑盒或rRNA去除試劑盒構(gòu)建測序文庫。此試劑盒各模塊Buffer和Enzyme已提前預(yù)混，簡化試劑準(zhǔn)備的同時也減少了自動化設(shè)備分裝混勻的步驟，使得全流程自動化程度更高；且所有試劑都經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗證，最大程度地保證了文庫構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫試劑盒基于華大智造MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)，每輪實驗（96 samples/run）建庫全流程（含mRNA捕獲）時間由手工建庫的7.5h縮短為自動化建庫的6h，其中5.5h為自動化運行時間，手工操作時間僅為0.5h（圖1）。
圖1 預(yù)混版RNA建庫試劑盒基于MGISP-960的自動化建庫全流程（含mRNA捕獲）
測評結(jié)果
1. 穩(wěn)定的文庫產(chǎn)出
自動化文庫產(chǎn)出約為手工文庫產(chǎn)出的80%，滿足后續(xù)測序需求；且基于翌圣預(yù)混版RNA建庫試劑盒，文庫產(chǎn)出波動控制在10%以內(nèi)（CV值為8%），相對手工建庫具有更好的穩(wěn)定性（圖2）。
圖2 預(yù)混版RNA建庫試劑盒基于MGISP-960的自動化建庫及手工建庫的文庫產(chǎn)出
2. 一致的文庫峰型
自動化文庫峰型一致，且片段大小均符合預(yù)設(shè)標(biāo)準(zhǔn)（300~400bp）。
圖3 預(yù)混版RNA建庫試劑盒基于MGISP-960的自動化文庫峰圖
3. 優(yōu)秀的下機(jī)數(shù)據(jù)表現(xiàn)
以翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫試劑盒構(gòu)建RNA文庫，起始量1000ng human total RNA，12cycles，采用DNBSEQ-T7測序平臺，PE150測序模式，統(tǒng)一截取1G的下機(jī)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，得到Q30>92%、比對率＞98 %、rRNA比例<1%等優(yōu)秀指標(biāo)（表2）。
4. 一致的分析結(jié)果
文庫的5’及3’端在測序結(jié)果中有較高的基因覆蓋度，分別為30%和50%，文庫的基因中間區(qū)域捕獲均勻；且手工文庫和自動化文庫的基因覆蓋度表現(xiàn)高度一致（圖4）。
圖4 預(yù)混版RNA建庫試劑盒基于MGISP-960自動化建庫和手工建庫的基因覆蓋度
對14例樣本的測序結(jié)果進(jìn)行聚類分析，顯示同批次的自動化文庫和手工文庫均有較高的關(guān)聯(lián)性（圖5）。
圖5 14例樣本的文庫分析結(jié)果相關(guān)性
測評結(jié)論基于MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)使用翌圣生物的預(yù)混版RNA建庫試劑盒Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Premixed version)，僅用6小時即可完成完整的RNA文庫建庫流程。相比手工建庫，華大智造的MGISP-960高通量樣本制備系統(tǒng)效率更高、數(shù)據(jù)表現(xiàn)穩(wěn)定，可生成高度均一的文庫。同時作為開放、可拓展的建庫設(shè)備，華大智造的MGISP系列產(chǎn)品可適配不同類型的第三方試劑，為大規(guī)模檢測的科研應(yīng)用提供卓越的自動化建庫實驗平臺。
華大智造持續(xù)深耕拓展實驗室自動化業(yè)務(wù)，已經(jīng)逐步形成了樣本前處理、核酸提取、移液工作站等全方位、全流程的自動化產(chǎn)品線布局。華大智造一直以來堅持以科技創(chuàng)新為本，積極搭建開放創(chuàng)新的應(yīng)用生態(tài)建設(shè)，助力生命科學(xué)行業(yè)逐步實現(xiàn)從硬件、工具到生態(tài)平臺的躍遷。
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